تبدأ أحداث فيلم (الجزيرة) بمشهد الفرحة الغامرة التي تنتاب الكبير علي الحفني (محمود ياسين)، بعد إنجاب ولده منصور (أحمد السقا).. لتنتقل الأحداث إلى الوقت الحاضر، بما يحمله من متغيرات وتحولات حملتها السنوات الثلاثون الماضية، أحداث خطيرة ومتشابكة، تتطور لتجعل من عصابة مجهولة الهوية أن تعترض قطار الصعيد وإيقافه، الأمر الذي جعل الدولة تشعر بالخطر القادم من هذه العصابات..!!

هذا الحدث بالذات، يجعل الجهات الأمنية من إصدار تعليمات للضابط الصغير طارق (محمود عبدالغني) للسفر إلى الصعيد للبحث والتحقيق في هذا الحادث.

أثناء تواجد هذا الضابط في الصعيد، تتضح له الكثير من الخفايا.. أبرزها تلك المصالح الشخصية التي يحملها أصحاب النفوس الضعيفة من ضباط الداخلية، ويمثلها الفيلم بشخصية العميد رشدي وهدان (خالد الصاوي)، والذي يؤمن بسياسة القبضة الحديدة في معالجة الأمور الأمنية.. وهو الأسلوب التقليدي العتيق الذي يتم تجاوزه في الفيلم على يد الجيل الجديد الذي يمثله الضابط طارق.

ويتمادى الفيلم في طرحة لهذه العلاقة بين الضابط والمجرم، عندما يتناول زوايا أخطر بكثير، ويقدم بجرأة ملفتة قضية أخلاقية خطيرة حول قانونية التعامل مع المجرمين والخارجين عن القانون إذا كان في هذا التعامل مصلحة للدولة.. وهي وجهة النظر التي يمثلها بل ويؤمن بها اللواء السابق فؤاد (عبدالرحمن أبو زهرة)، والذي يعده جيل العميد رشدي رمزاً وقدوة له.. بينما يعارض الجيل الجديد الذي يمثله طارق (وهو ابن اللواء فؤاد في الفيلم)، هذا التفكير الذي يصفه بالفساد والانتهازية، بل ولا يتردد في مواجهة والده بهذه الحقيقة.

هذه الأحداث جميعها، تتشابك مع حكاية الحب الرومانسية بين منصور (السقا) وكريمة (هند صبري).. تلك العلاقة الشفافة، التي لم تكن قط دخيلة على مجمل تلك الأحداث.. بل هي فاعلة فيها وأضفت على أحداث الفيلم المليئة بالعنف والدماء، جواً من الطمأنينة والشاعرية.... فبالرغم من هذا الحب الصارخ بين الاثنين، إلا أن التقاليد هناك في الصعيد، أقوى من تلك العواطف، تلك التي تجبر منصور على الزواج من فائقة (زينة) والتخلي عن حبه لكريمة بسبب العداوة التاريخية بين العائلتين، ليكتفي العاشقين بحب سري، يختفي وراء تلك الجبال المحيطة بهما، ولينعما أحياناً بجمال تلك الجزيرة التي ضمتهما ووقفت مع حبهما المكتوم هذا..!!