يتكون برنامج المهرجان من ثلاث مسابقات رسمية (مسابقة الأفلام الروائية الطويلة، ومسابقة الأفلام الوثائقية الطويلة، ومسابقة الأفلام القصيرة)، والبرنامج الرسمي خارج المسابقة، إضافة إلى البرنامج الخاص. يعرض المهرجان نحو 80 فيلمًا، من أهم وأحدث الإنتاجات العربية والدولية. تصل قيمة الجوائز المقدمة إلى 224 ألف دولار أمريكي، إضافة إلى الجوائز العينية (جائزة نجمة الجونة، والشهادات) المُقدمة إلى الفائزين في المسابقات المتنافسة. يمكن للأفلام الطويلة ذات الطابع الإنساني أن تحصل على جائزة الجمهور: «سينما من أجل الإنسانية». في دورته الخامسة المقبلة يضيف المهرجان جائزة جديدة هي نجمة الجونة الخضراء المخصصة للأفلام المعنية بقضايا البيئة. في إطار البرنامج الخاص، يعرض المهرجان عددًا من الأفلام الكلاسيكية الأيقونية التي حازت إعجاب الجماهير على مدار الزمن.  

يقدم المهرجان الدورة الخامسة لمنصة الجونة السينمائية، التي هي فعالية موجهة لصناعة السينما، لغرض دعم وتَمكيِن صناع الأفلام العرب، ومساعدتهم على إيجاد الدعم المالي، والفني من خبراء الصناعة العرب والدوليين.

تتكون منصة الجونة السينمائية، من برنامجين: منطلق الجونة السينمائي، وجسر الجونة السينمائي، اللذين يقدمان الفرص للسينمائيين، للتعلم والمشاركة من خلال جوائز مادية وعينية وورش لصناعة الأفلام وحلقات نقاش وطاولات حوار مستديرة، إضافة إلى محاضرات لخبراء صناعة السينما.

تمنح المنصة جوائز قدرها 250 ألف دولار أمريكي، للمشاريع الفائزة في مرحلة التطوير والأفلام الفائزة في مرحلة ما بعد الإنتاج. تُمنح الجوائز بواسطة مهرجان الجونة السينمائي ورعاته وشركائه.